A côté de la communication des connaissances l'Université Kongo accorde une part importante à la recherche pour maîtriser et enrichir continuellement les connaissances du passé, du présent et du futur.

Elle compte quatre centres de recherche:

-  Centre International des Civilisations Kongo (C.I.CI.KO.);

-  Centre de Recherche et d'Action en Santé Publique (CRASP);

-  Centre de Promotion des Petits et Moyennes Entreprises (CE.PRO./PME);

-  Centre de Recherche en Santé et Reproduction Animales (CRSRAL).

 
            Par ailleurs, l'Université Kongo compte quatre supports de publication à travers lesquels sont diffusés les productions scientifiques de son personnel académique et scientifique, et de ses étudiants.